自来水从水厂出来后，经过漫长的输水管网以及水塔水箱等设备，接触的污染（俗称“二次污染”）物甚多，诸如铁锈、污垢、尘埃、虫蚁尸体、有害物质藻类等许多有毒化合物和有害物质，它们以极为复杂的相互作用生成许多有毒的致病物质，特别是目前城市中出现的大量的高层及多层居民住宅楼，屋顶水箱长期无人清扫，存积的污垢日积月累，发霉发臭，有的水箱盖脱落或破损，箱内长满了青苔和霉斑，水中飘浮着小虫及其尸体，以及各种灰尘污物，虫蚁垃圾、有害物质藻类，甚至有猫鼠鸟雀等动物尸体，污染极为严重，直接饮用很不安全。据北京市卫生防疫站的检测，由于二次供水污染，有15%的自来水超过饮用水标准。